私も全く同じ状況でした。
永住権申請の際のレントゲンで、結核の跡があると。
今まで結核になったこともないし、今までレントゲン受けてきたのにそんなこと言われたこともなかったので、寝耳に水、何かの間違いだろう。と、直接、診断した医師に話しに行ったことがあります。
結果が信用できなくて、違うクリニックに行って、胸部レントゲンだけとってもらったりもしました。
そのクリニックでは、もちろん問題なし。
でも、もう申請書に書いてしまってるし、しょうがないので、そのまま出しました(~_~

結果は永住権取れました。
なので「古い結核の跡が石灰化している」と書かれてあっても、私の場合は大丈夫でした。
今思うに、結核跡を書いた医師は、ベトナム出身で、多分結核跡をよく見ていたからかな、、、、とも思ったり、、、、
トピ主さんの場合は分かりませんが、私は取れました。