MyIR でAccount balance がマイナス$1000ということは、税金を払い過ぎているということではありませんか? つまり、払うべき税金額がマイナス$1000となっている、ということではないかと思うのですが。自営の方でしたら、Provisional tax を年度の途中で払っていたのが確定申告に反映されていなかったとか?間違っていたらすみません。
MyIRのHome から Accounts というタブの下にある income tax をクリックして、次にPeriods というタブをクリックすると、過去の各年度の締め日が見えると思います。その中の 31-Mar-2017をクリックするとその年度の明細が見えます。 - $1000 の理由もそれでわかるのではないでしょうか。
それと、tax return という言葉は「確定申告」という意味であり、「税金還付」という意味ではありません。(returnには、報告(書), 申告(書)の意味があります。) 税金の還付についてIRD と話す時は return ではなくrefundという言葉を使ってください。
PTSはPersonal tax summaryの略で、個人の税金明細のことです。2019年分からはIRDは、発行を止めたそうです。
電話がつながらなければ、電話の途中でコールバックを指定するか、MyIRの correspondence というところからメッセージを送ることもできます。