私が実際に経験した訳ではありませんが、参考まで。

http://www.immigration.govt.nz/opsmanual/46506.htm
イミグレーションのオペレーションマニュアルの中の、健康状態に関する条項です。

基本的にオフィサーはこのマニュアルに沿って、申請を審査します。

この中に、病気や障害の種類が記載されています。
これらに該当する場合、健康状態がNZの公共医療への負担になることが考えられるため、永住権申請却下の理由となりえます。

ご質問はB型肝炎のキャリア、ということですが、このリストの中に「Hepatitis B Surface Antigen Positive (HBsAg)」があります。B型肝炎表面抗原陽性という状態のことのようです。

リストに入っている病気や障害がある場合でも、必ずしも申請却下というわけではなく、イミグレーションの指定する医師（Medical assessor、パネルドクターとは別）による再診断を要されることもあります。
そのうえで、例えばその健康状態でもその病気に対して「$41,000を超える医療費が掛からない」と判断した場合や、公共医療は利用せずプライベートで治療を受けるという確約、プライベート医療に対する保険、といった条件付きで永住権が認められることもあります。

先に添付したリンクから、オペレーションマニュアルを確認してみてください。