＞パティシエでの申請ができなくなったと書いてあったのですが

パティシエは永住権申請ができないというよりは、永住権申請できる給与でフルタイム雇用を見つけるのが困難だから、ではないかと思います。現時点で（もうすぐ更新されますが）永住権（Skilled Migrant Category）を申請するには、最低でも時給が$24.29必要です。
統計によると、資格を持つBakerの一般的な給与は時給約$17～$21です。
トピ主さんが日本でパティシエ経験が数年あるといったケースでなければ、こちらの専門学校を卒業し、就職先を見つけて即永住権申請は無理か、相当難しいと思います。

＞ポイントに達していても申請はできないのでしょうか?
EOIポイントの事だと思いますが、ポイントに達していれば（160pt）申請はできます。選出され永住権申請に進んだ際に、所得証明、職務経歴書、雇用契約、資格証書、英語力テストの結果といった書類を要求され、審査に進むかはその内容次第です。
https://www.immigration.govt.nz/new-zealand-visas/apply-for-a-visa/tools-and-information/tools/points-indicator-smc-28aug

専門学校卒業後、パティシエとしてフルタイムの仕事に就くことができれば、雇用主からのサポートでEssential Skills Work Visa（ESWV）が申請できるかもしれません。
ただ、ESWVにも最低所得が決められているので、滞在できる期間は資格レベルと給与によって違います。
https://www.immigration.govt.nz/new-zealand-visas/apply-for-a-visa/tools-and-information/work-and-employment/how-long-you-can-stay-on-an-essential-work-visa