解決となっていましたが、ちょっと気になったので失礼します。
私が始めてパートナーサポートのワークビザを申請した6年ほど前には同じ様にポケットファイルにわかりやすく分類すると良いと聞き、同じ様にしたのですが、一年後に更新した時にはサイト上にだったかオフィスでもらった提出書類について書いた紙だったか記憶が定かではないのですがポケットファイルに書類を入れられるといちいち出すのにとても時間がかかるので止めて下さい。と書いてありました。
なので私は目次&それぞれ何枚ずつあるかを書いて、その順番とおりに束ねて提出しました。(イミグレで書類を無くされて提出したはずの書類を提出して下さいと言われる事が多々あるので何を何枚入れたかは必ず明記して同封した方が良いです)
私の経験もだいぶ前の話ですし、ファイルに入れたからといって却下される訳でもないかと思いますが、もしよかったら参考にして下さい。