＞政府からの補助が12週間分出ているのですが、2週間おきにしか支払われていません。

基本的に給料の支払は元々の支払日どうりに支払われます。

＞補助金のもらってない分があり、店が再開して働いている場合はその補助金はもらえなくなるのでしょうか？

投稿主さんの情報が少ないので正確な答えになっていないかもしれませんが、ある程度想像出来る範囲内で答えさせていただきます。
今回の補助金は現金を労働者に配る為というよりも、少なくとも１２週間雇用を守る意味が強く、利益が減っているもしくは全く無い会社が１２週間にわたり給料を支払うための補填として使われます。
投稿者さんの働いてらっしゃるお店が再開して、働いてらっしゃるとしてもコロナの影響で売上は良くないと思います。つまり会社は十分な利益を得られていないのです。
なので引き続き補助金を使ってお給料の支払いが行われます。投稿者さんの言葉を借りるなら、補助金はもらえている状態となります。

＞それとも働いた分が補助金に上乗せされてもらえるのでしょうか？

それぞれフルタイム＄５８５　パートタイム＄３５０が週の補助金額です
投稿者さんの時給×時間がこれを超えているなら、超えている分は上乗せされます。

Aprさん
わかりやすい回答ありがとうございます。

追加で質問があるのですが
店が再開してもまだ働いていない場合はロックダウン中と同じように給料はもらえるのでしょうか？
また、店が再開され働いているが、ロックダウン期間中にもらっていた給料よりも働けずに給料が下がってしまっている場合にはロックダウン中の給料が最低保障としてもらえるのでしょうか？

わかりにくい文章ですが、わかる範囲でお答えいただければありがたいです。

＞店が再開してもまだ働いていない場合はロックダウン中と同じように給料はもらえるのでしょうか？

自宅待機の方であっても１２週間はロックダウン中と同じようにもらえます。
ロックダウン中からそのまま自宅待機であれば実労働時間がないので、旧時給で計算された時間あたりの給料が支払われます。

＞店が再開され働いているが、ロックダウン期間中にもらっていた給料よりも働けずに給料が下がってしまっている場合にはロックダウン中の給料が最低保障としてもらえるのでしょうか？

たとえ働いた時間が少なくても１２週間はロックダウン中に支払われていた金額がもらえます。