お話から察するに、フラットメイトのベッドはトピ主様の所有物のようですね。使用する側に貸与物に対しての気遣いが薄いと特に高い家具等はかなりの損害ですよね。(・・

ベッドでの経験談ではありませんが、こちらではカーペットクリーニングするスチーム(掃除)機にアクセサリを取り付けることでソファのクリーニングもします。スーパーやThe warehouse, Miter10にもRug Dr.(ラグドクター)等の名前で機械を貸出してます。今回の場合は、プロ(カーペット清掃業者)にお願いした方が賢明かと思いますが。
それがベッド対応可なら、必ずとは言えませんが臭いや染みの改善、かつ長年の汗、ダニ死骸やダスト等にも効果が出ると思います。但し清掃業者だけでなく、解ればベッドメーカーにも可能かもしくはそれ以外の対応が有るのかも必ず確認してからにしましょう。
ちなみに清掃代はそのフラットメイトに全額か最悪半額は支払ってもらうべきかも。ベッドの買換えよりは断然安いだろうし、今回のベッドへのダメージは相手の不注意と対応不足は明らかの様ですし。大事に成らずに済むとイイですね。