既に解決済みでしたらすみません。
Travel Declaration の事ですよね？

私は保健所から紙ベースの証明書をもらい、結局それでエラーが出なくなりました。証明書は１週間で届きました。

私も同じようにエラーが続き、コールセンターに電話したら「システムエラーだから新しいプロフィールを作ってね」と言われ(何個でも作れます！)、作り直して各ページのスクショを綺麗に貼ったりQRコードと繋げてスキャンしたりしても、どれもダメでした。。

ご参考になれば幸いです。