ご存知かと思いますが、補助金をもらうのは雇用主で、雇用主は補助金を給料の補填に使います。そして貴方は雇用主から給料をもらいます。貴方が直接補助金をもらうわけではありません。

自分から退職したという前提でよろしいですね？
私の理解では、給料をもらえるのは雇用契約がある間です。つまり退職日までの分。
ロックダウン中でも雇用者・労働者双方が守るべき法律は変わりません。ですので、雇用主には雇用契約に基づく給料を払う義務があります。コロナが理由で、給料額が減額する場合は雇用者と従業員双方の合意が必要ですが、その従業員分として受給した補助金額より低くてはいけません。

補助金のリストに載っている従業員が辞めた場合には、雇用主は政府にその事実を報告し補助金の返金をするか、もしくはその従業員の分を他の従業員の給料分で使うこともあり得るということです。つまり辞めた従業員に１２週間分すべての援助の必要はないということでしょう。

答える際に、このサイトの下記の質問の回答を参考にしました。（回答までコピーすると大変長くなるので、興味がある方は下記サイトで回答を読んでください。）
https://www.restaurantnz.co.nz/2020/03/29/frequently-asked-questions-covid-19-wage-subsidy/

Q. What should happen in the event an employer has already applied for, and received, the wage subsidy for an employee, however that employee resigns? Or voluntarily leaves during the twelve week period for another job opportunity or because of caring responsibilities, do I need to pay the money back to MSD?

こんにちは。個人的な意見になります。本来であればきちんとした経営者であれば誰でも12週間分の給料保証を受ける事ができます。しかし実際私の周りには支給されていない、或いはされていても本来の金額ではなかったりしている方々存在しています。貴方の補償も申請されていたのに給付されなかったと言うことは雇用主に何か問題があると思います。この件は直接雇用主の方に尋ねるしかないと思います。どうして給付されなかったか聞きましたか?