航空会社のカウンターの仕事は、チェックイン時に航空券発券システムに登録されている入国要件を満たしていて問題ないないか確認する事です。要件を満たさない乗客を搭乗させて入国を拒否された場合送還費用は航空会社の負担になるからです。
ニュージーランド人の日本への渡航という事で端末を叩けば、「出国チケットを持たないビジターは入国拒否されることがある」と書かれていてそれが全てです。
例外として例えば日本の空港でタイ片道で規定はNGだけど運用上問題なく入れるような場合は念書を書いて搭乗できるようなケースはありますが、(証明できるもの=パスポート を持たない)日本の国籍を持つニュージーランド人というようなレアなケースについて特別対応をする義務も必要性も普通に考えればないでしょう。問題なくチェックインできたケースはたまたま厳格ではない係員に当たっただけの話でしょう。
日本の法律でも規定されているように、外国籍を持つ日本人は日本のパスポートで似入国するのが正しいのですからそのようにされれば何の問題も起きないのです。