雇用主が業務上必要な機器（車両も含む）を労働者に使用させている場合、それらのダメージが故意や怠慢（注意義務違反など）によるものでもなければ労働者に修理や弁償を請求することはできません。
ただし、トピ主さんの書き込みだけでは事故の状況は「故意ではない」事は分かりますが、回避できない状況下でのことなのか、注意義務を怠った結果なのかわかりませんが。
ワーホリに運転を任せる職場なのであれば、NZの運転に慣れていない人や、NZフルライセンスを持っていない人が運転する機会も多いはずです。
それに相当する保険（例：掛け金は上がるが免責無し）を掛けるのは雇用主の責任です。

例えば、それを不服として雇用主が免責額をトピ主さんの同意なしに給与から差し押さえたりすれば、雇用法違反になります。
もめるようであれば、労働局に相談してください。
0800 20 90 20です。